Prima atestare documentară a mânăstirii Rafaila și a locurilor pe care se află este un Hrisov dat în Iași, la 4 decembrie 1599, de domnitorul Moldovei Ieremia Movila.
Cercetările arheologice au descoperit urme de locuire neolitică, în două puncte ale localității Rafaila:

1). „Piciorul Hârbului”, situat în partea de vest a satului, la o distanta de aproximativ 1,00 Km fata de zona locuita, între râurile Stemnic și Recea. Aici au fost descoperite diferite unelte din silex, piatră, os, dar mai ales vase și fragmente ceramice.

2). „Ezer”, situat intre pârâul Stemnic și un afluent al său, unde s-a descoperit un depozit de bronz format din fibule de tip pasmanterie, un colț fragmentat și un vârf de lance.

Toate acestea reprezintă nivelul ridicat al culturii materiale la care ajunsese populația băștinașă in epoca bronzului si a fierului, care, pe lângă agricultură și pescuit, se îndeletnicea și cu meșteșugurile.

Așezată pe două dealuri în forma de semicerc, Rafaila este un sat mănăstiresc, întemeiat pe lângă schitul călugărului Rafail, de la care si-a luat și numele. Pomenit în documente încă de pe vremea lui Stefan cel Mare, satul păstrează o legendă  a întemeierii lui, tot de pe vremea marelui domnitor. Se spune că în urma luptei cu turcii, Stefan ar fi răsplătit, pentru faptele de vitejie, pe arcașul  Radu Bălteanu cu o parte din Valea Stemnicului, unde acesta se retrage, nu înainte de a se călugări. Aici construiește o biserică din lemn  iar slujitorii care au îngrijit schitul aveau să fie și primii locuitori ai așezării de mai târziu, Rafaila.